قصة فيلم المحقق كونان 22 جلاد زيرو تدور حين يحدث انفجار مفاجئ في قمة طوكيو الضخمة التي تقع على طرف المحيط. ظلّ “تورو أمورو” الذي يعمل لمصلحة مكتب الأمن التابع للشرطة الوطنية تحت إسم “زيرو” يظهر في مكان الحادثة. بالإضافة الى ظهور الشخصية التي تُعرف بـ”ثلاثة أوجه”، بإسم “ري فورويا” كمحقق، وتلميذ المحقق “موري كوجورو”، ويُعرف أيضًا بإسم “بوربون” في العصابة السوداء. المحقق “موري كوجورو” يتم القبض عليه كمشتبه به في حادثة الإنفجار. يقوم “كونان” بإجراء تحقيقات لإثبات براءة العم “موري” ولكن يعترض طريقه “أمورو”.